Jepun menyerang Sarawak pada 1941 dan menguasainya sepanjang Perang Dunia Kedua. Pada masa kekalahan Jepun pada 1945, Sarawak ditadbir oleh British Borneo Civil Affairs Unit yang dikawal selia oleh tentera Australia.[2] Ia kemudian diserahkan kepada kerajaan British pada 1 Julai 1946. Sepanjang pemerintahan British tersebut Sarawak ditadbir oleh Pejabat Tanah Jajahan di London. Pengambilan Sarawak sebagai Tanah Jajahan British di Timur telah menimbulkan pelbagai reaksi daripada penduduk tempatan mahupun antarabangsa kerana British telah memungkiri janji mereka semasa menandatangni Piagam Atlantik 1941 iaitu tiada perluasan wilayah; perubahan wilayah adalah atas kehendak rakyat; pemulihan pemerintahan sendiri yang telah dinafikan sebelum ini; hak dalam memperoleh bahan mentah dan pengurangan sekatan perdagangan; kerjasama global untuk menjamin keadaan ekonomi dan sosial yang lebih baik untuk semua; kebebasan dari rasa takut dan berkeinginan; kebebasan di laut; menghentikan amalan keganasan serta pelucutan senjata di seluruh dunia. 

Sepanjang tiga tahun pertama rakyat Sarawak hanya diikitiraf sebagai Subjek British, penentangan demi penentangan dilakukan oleh Rakyat Sarawak yang mahukan sama ada berkerajaan sendiri dengan Merdeka ataupun mahukan Rejim Brooke memerintah semula. Peristiwa terbesar yang berlaku pada masa itu ialah Pembunuhan Duncan Steward, Gabenor Sarawak yang kedua di Sibu oleh seorang anak muda belasan tahun bernama Rosli Dhoby. Pembunuhan ini berlaku pada 3 Disember 1949.

Pada 22 Julai 1963 Rakyat Sarawak telah diberi taraf berpemerintahan sendiri dengan Stephen Kalong Ningkan dilantik sebagai Ketua Menteri Pertama bagi Negeri Sarawak. Taraf berpemerintahan sendiri ini ialah setaraf dengan negeri-negeri naungan British yang lainnya kerana Sir Alexander Waddell masih lagi menjawat jawatan Gabenor sehingga 15 September 1963.[ dan menyertai Persekutuan Tanah Melayu, Sabah dan Singapura, dalam persekutuan Malaysia,[3] yang dibentuk pada 16 September 1963, walaupun dibantah sebahagian penduduk pada mulanya.[4][5]

Sarawak merupakan salah satu daripada punca utama Konfrontasi Indonesia-Malaysia antara 1962 dan 1966.[6][7]